تتكون الإدارة من أربعة أقسام رئيسة، هي:
- قسم البحوث الشرعية. - قسم الدراسات الإسلامية والمعلومات. - قسم المكتبات الوقفية. - قسم تنظيم المسابقات الإسلامية.
