تتكون الإدارة من أربعة أقسام رئيسة، هي:
    - قسم البحوث الشرعية.     - قسم الدراسات الإسلامية والمعلومات.     - قسم المكتبات الوقفية.     - قسم تنظيم المسابقات الإسلامية.